平阳文物保护机构组建于上世纪70年代初，当时由平阳展览馆、文物组组成。1985年正式成立平阳县文物馆，主要负责全县文物征集、展览、保护宣传等工作，其职能与博物馆相同，除具备博物馆的一些管理功能之外，主要承担地上地下文物保护管理、文物保护单位维修以及野外文物考古调查等。为适应新形势下文物保护发展的要求，2007年成立平阳县文物保护管理所，该所为全额拨款事业单位，现有事业单位编制人员11名。文物保护管理所成立后与县文物馆合署办公，实行两块牌子、一套人马。2009年县文物馆更名为平阳县博物馆，现平阳县文物保护管理所与平阳县博物馆继续合署办公，依然是两块牌子、一套人马，单位隶属、性质、编制均不变。
